В начале правления москвич Маркелов
вступил в конфликт с представителями Всемарийского
совета «Мер канаш» — общественным парламентом народа мари. В то время многие национальные республики России отстаивали сохранение своего языка и культуры, но в Марий Эл эти настроения были не так сильны, как, например, в соседнем
Татарстане.
В первой марийской Конституции, в составлении которой принимал участие председатель «Мер канаш» руководитель театра Шкетана Василий Пектеев, говорилось, что кандидат на должность президента Марий Эл обязан
владеть двумя языками: русским и марийским. Но ни Маркелов, ни его конкурент Кислицын марийского не знали. Тогда Пектеев дважды — как руководитель национального парламента и как частное лицо — обратился в Верховный суд России с жалобой
на это обстоятельство, но проиграл.
Когда к власти в Марий Эл пришел Кислицын, он с уважением относился к позиции Пектеева. Но Маркелов, заняв должность президента, припомнил Пектееву и его суды, и его негативное отношение
к Маркелову-кандидату. В театре Пектеева начались проверки.
В декабре 2001 года Маркелов подписал указ об объединении национального марийского театра и марийского театра юного зрителя в Марийский национальный драматический
театр им. Шкетана. В новом театре места его художественному руководителю Василию Пектееву и председателю Всемарийского совета директору Виктору Николаеву не нашлось: республиканский Минкульт
не принял их заявления о приеме на работу.
В 2002 году национальная интеллигенция
провела митинг против попытки регулирования деятельности театров, ликвидации национального театра им. Шкетана и сокращения часов преподавания марийского языка. На митинг
пришла 1 тыс. человек.
После этого власти Марий Эл скорректировали национальную политику. В республике появилась радиостанция, вещающая на марийском
языке. Власти санкционировали создание проправительственных национальных организаций, которые получают финансирование на свою деятельность и на культурные проекты. Василий Пектеев 16 лет был
вынужден жить и работать за пределами Марий Эл. На работу в театр Шкетана он смог вернуться только в 2018 году. Николаев уехал из
республики (по словам Пектеева, после угроз семье).
В 2005 году Европарламент направил властям России
резолюцию «О нарушении прав человека в Республике Марий Эл», он осудил давление на
оппозиционные медиа и их сотрудников, угрозы директорам школ, которые не смогли обеспечить Маркелову нужный процент голосов на выборах, притеснение марийского меньшинства. Госдума РФ
назвала пункты резолюции голословными и сослалась на то, что она вызвала многочисленные возмущения среди представителей финно-угорского народа, чьи права Европарламент собрался защищать.
Одним из
первых, кто стал открытым противником Маркелова и пострадал за это, стал народно избранный мэр Волжска Николай Свистунов. В своем интервью Свистунов обвинил президента Марий Эл «в участии в криминальной деятельности». Он считал, что
Маркелов проводит рейдерский захват предприятий Волжска, и сообщил об этом в Москву. За этим последовал иск о защите чести и достоинства, суд Леонид Маркелов выиграл.
В 2003 году суд приговорил Свистунова к четырем годам
заключения за хищение бюджетных средств, а через два года — за взятку в виде права требования трехкомнатной квартиры площадью 90 м²,
полученной от директора Волжского
домостроительного комбината в 1997 году. Бывший мэр Волжска
получил 8,5 года лишения свободы
совокупно.
Популярный мэр Йошкар-Олы Павел Плотников занимал свою должность недолго — с октября 2014 по апрель 2015 года. Незадолго до увольнения мэр на несколько дней пропал, а потом стало известно, что зять руководителя
администрации Маркелова Дмитрия Турчина Александр Туруев
заказал на него покушение.